Depuis 2020, l’UMR CEFE a 7 tutelles : CNRS, UM, EPHE, IRD en "principales", UPVM, INRAE, l'Institut Agro en "secondaires" (convention d'UMR en cours de montage). L’unité est dirigée par une équipe formée de la directrice d'unité (ML Navas PR l'Institut Agro), de 2 DU Adjoint (T Lenormand DR CNRS, T Decaens PR UM), des directeurs de département, de représentants des plateformes et des IT, et de l'administratrice d'unité. Le CEFE compte 4 départements de recherche regroupant 16 équipes, cellules fonctionnelles de l’unité. Deux départements sont plutôt thématiques : « Ecologie Evolutive et Comportementale » (EEC) et « Ecologie Fonctionnelle » (EF). Les 2 autres ont des activités plus transversales incluant des chercheurs SHS : « Interactions Environnement-Sociétés » (InES) s’intéresse aux interactions entre espèces, incluant l’homme (comme agent et objet), et « Dynamique et Conservation de la Biodiversité » (DCB) a une forte valence de gestion de la biodiversité jusqu’à l’éclairage de l’action publique. Les missions techniques sont assurées par 6 plateformes mutualisées, disposant d’espace, de matériel et de personnel : Plateforme d’analyses chimiques en écologie (PACE, labellisée CeMEB), Génomique, Ecologie Moléculaire et Evolution eXpérimentale (GEMEX), Systèmes d’Information en Ecologie (SIE), Programmes à long-terme (PLT), Terrains d’expérience (TE, labellisée CeMEB) et Documentation & Bibliothèque. Au 1er septembre 2022, l’unité comprend 302 personnes dont 133 permanents (91 Chercheurs et enseignants chercheurs, 42 IT), 80 doctorants et 44 post-doctorants. Les non-permanents sont en augmentation constante en lien avec la progression des financements contractuels. Les ressources de l’unité s’élèvent en 2021 à 5,9 millions d'€ dont 82,6 % issus de contrats et subventions (projets européens, nationaux, avec des entreprises, des collectivités ou des structures parapubliques, à l’international…).