MEPHI D-258 a pour thématiques principales de recherche la microbiologie clinique et les maladies infectieuses. Ces thématiques se déclinent en plusieurs axes développés par les différentes équipes qui composent l'unité avec une approche méthodologique signature qui est la culture, qu’elle soit bactérienne, virale ou parasitaire.
Les différents axes de recherche sont
1) l’analyse des microbiotes humains actuels ou anciens supposés sains ou associés à des pathologies ou responsables de pathologies (dysbiose), qu’ils soient cutanés, digestif ou dentaires,
2) l'immunobiologie avec les relations hôtes-pathogènes dans les infections cardiovasculaires et/ou associées aux bactéries intracellulaires,
3) l’analyse de la diversité virale dans les infections respiratoires et la recherche de virus inconnus,
4) les relations entre les microorganismes du microbiote des animaux notamment les primates non humains ou de l’environnement dans les pays tropicaux associés à l’émergence de maladies infectieuses ou de résistances aux médicaments anti-infectieux.
MEPHI poursuit ses objectifs guidée par la curiosité scientifique, en élargissant ses champs d'études par l'application systématique de nouvelles technologies et par la poursuite d'une recherche ouverte intégrant les aspects les plus fondamentaux, jusqu'aux aspects les plus innovants, des microrganismes à l'humain. L'unité développe par ailleurs une recherche translationnelle en microbiologie clinique, incluant la surveillance des maladies et l'émergence des clones de pathogènes.