Objectifs scientifiques et projet de recherche

Ce projet multidisciplinaire propose l’intégration d’un module génétique au sein du modèle GreenLab, afin de relier un certain nombre de ses paramètres (pour le développement et le fonctionnement physiologique) à des informations génétiques chez une plante modèle économiquement très importante : le caféier. L’objectif général est d’augmenter la performance du modèle en termes de prévision et d’optimisation de la production du caféier. Les objectifs spécifiques sont de deux ordres : 1 - ntégrer les effets génotypes x environnement dans le modèle grâce à une étude fine de la stabilité inter et intra-spécifique des paramètres et 2 - Identifier des QTL (Quantitative Trait Loci) associés aux paramètres d’architecture et de production du modèle, afin d’optimiser grâce à la simulation le processus de sélection génétique. La JEAI MODELCAF (Modélisation de l’Architecture et de la Croissance des Caféiers) va rassembler 6 enseignants-chercheurs et chercheurs de 5 grandes institutions dont 2 ivoiriennes et 3 françaises. Le projet vise à se doter de compétences en analyses génétiques et en modélisation afin de se positionner dans un contexte de changement climatique où les impacts sur la phénologie et la production ont des effets majeurs au niveau économique et social. Nous proposons ici une approche multidisciplinaire en totale adéquation avec les activités et programmes de recherche de l’IRD (UMR DIADE) et du CIRAD (UMR AMAP). Le responsable du projet (Dr AKAFFOU) collabore depuis plusieurs années avec ces deux unités (Bourse de thèse et bourse BESCD de l’IRD, Bourse d’Action Incitative du CIRAD, Projet Agropolis- CAPES). En Côte d’Ivoire, la caféiculture, malgré les difficultés que rencontre le secteur et les effets de la crise récente, occupe plus de 380 000 familles et sa relance est inscrite comme une priorité du pays. Pour réussir, il faut disposer d’un matériel végétal performant alliant productivité, qualité organoleptique, résistance aux pathogènes et à divers stress. Cependant, il faut aussi, du matériel répondant à des préoccupations fortes des paysans. Ainsi, la période de récolte – souhaitable avant la rentrée des classes – est un facteur important à prendre en compte pour que les familles puissent disposer, au moment adéquat, de ressources financières nécessaires pour couvrir les frais de scolarisation. L’obtention de variétés à cycle plus court (7-8 mois au lieu de 10 mois) tout en améliorant la productivité et la qualité du café-boisson produit est un objectif important des programmes de sélection. De plus, les changements climatiques par les effets induits sur l’intensité et la longueur des saisons des pluies vs sèches sont des facteurs importants à prendre en compte. S’agissant des caféiers, l’étude des ressources biologiques constituées en collection (la collection mondiale de caféiers africains est basée à Divo en Côte d’Ivoire) a permis d’identifier des espèces sauvages possédant des caractéristiques variées (cycles courts à longs, taux de caféine nul à élevé, résistance à la sécheresse, capacité à se développer sur des sols temporairement inondés, etc…). D’autre part, la modélisation du développement des caféiers a été initiée en RCI par De Reffye dans les années 80. Le développement du modèle GreenLab offre aujourd’hui l’opportunité d’étudier la diversité architecturale des caféiers, leur développement en fonction de divers paramètres du milieu et d’intégrer des paramètres génétiques. Des hybrides intra- et interspécifiques prometteurs ont été créés par les équipes CNRA et UJLoG. Ils sont en pré-tests pour déterminer leurs performances dans le contexte agro-écologique actuel.

Unités IRD impliquées

4R12300 : AMAP

Institutions membres

UJLoG : Université Jean Lorougnon Guédé

Responsable(s)

M. x

Correspondant

Mme. X

Mme. X

Disciplines scientifiques

Biologie, médecine et santé Chimie

Thématiques de recherche

Ce projet constitue une opportunité unique : 1 - D’analyser la diversité architecturale des caféiers via le modèle GreenLab ; 2 - De génotyper des hybrides d’intérêts par les technologies haut débit actuelles telles que le « Genotyping By Sequencing » (GBS) (sachant aussi que la séquence du génome de C. canephora sera très prochainement publique) ; 3 - De rechercher des QTLs liés à des paramètres contrôlant l’architecture et la production ; 4 - Et en définitive de développer un modèle opérationnel et performant pour la prévision et l’optimisation de la sélection des génotypes et de la production du caféier.